慢性咳嗽的病因较为复杂，不仅涉及呼吸系统，有些还与耳鼻喉、消化系统疾病等有关。
其常见病因有上气道咳嗽综合征、咳嗽变异性哮喘、嗜酸细胞性支气管炎、胃食管反流病，其次有血管紧张素转换酶抑制剂诱发的咳嗽、病毒感染后气管高反应性、支气管扩张、支气管内膜结核、肺癌、成人百日咳、心因性咳嗽、结节病等等，极为少见的还有由甲状腺疾病引起。
专家介绍说，由于慢性咳嗽患者的伴随症状少，X线检查又没有什么异常，所以误诊率相当高。“根据呼研所的一项调查，临床上约有76%的慢性咳嗽患者曾被误诊为‘慢性支气管炎’或‘慢性咽炎’，92%的人曾经使用抗生素治疗，平均就诊时间为3年，最长为20年，较高就诊次数为次。”
咳嗽通常按病程分为3类:急性咳嗽3周，亚急性咳嗽3周-8周，慢性咳嗽28周。
慢性咳嗽的定义为:咳嗽为唯一症状或主要症状，时间超过8周，胸部X线检查无明显异常,并排除慢性支气管炎、支气管哮喘、肺结核等常见呼吸道疾病者。慢性咳嗽是临床上常见的症状，其病因十分复杂,诊断较困难。
这么多种病因，临床如何鉴别呢?
①要重视咽喉和鼻部的检查;当病短促咳嗽，咳而不爽，仰卧时加重，常提示鼻后滴流。“犬吠样咳嗽常为细菌性会厌炎，喉头疾患呈哮吼样咳嗽"。声嘶伴咳嗽病人，要想到声带小结所致咳嗽的可能。
②夜间剧烈咳嗽提示心衰和哮喘;
③咳嗽与饮食有关，尤其伴烧心、反酸提示胃食管反流病。
④咳嗽伴有咯血常为支扩、结核和肿瘤。
⑤阵发性痉挛性连续剧咳10~20次后伴深吸气高调吼鸣为百日咳特征。
⑥某些药物所致咳嗽是其副作用，尤其ACEI类药物所诱发咳嗽为临床常见。
⑦吸烟者虽时有咳嗽,但当咳嗽的性质或形式发生改变时仍需警惕肺癌的可能。
⑧有些病人因精神紧张、焦虑而诱发咳嗽，行各种检查均阴性,要考虑心因性咳嗽。
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